Ensemble, Mario et Yoshi doivent réaliser diverses missions. Ils doivent au passage récupérer des clés, des pièces et des champignons. Vous pouvez contrôler successivement Mario et Yoshi. L'un et l'autre possèdent des fonctions différentes et complémentaires. Yoshi peut notamment sauter très haut.
Il y quelques commandes à connaître pour pouvoir jouer : il faut utiliser les touches fléchées pour avancer ou reculer (flèche du haut pour sauter), "L" pour courir, "J" pour effectuer un super saut (Yoshi uniquement), "K" pour donner un coup de pied, "Tab" pour changer de personnage. Votre objectif dans ce jeu est de terminer toutes les missions sans arriver à 0 vies, et de récupérer le maximum d'objets secondaires.