Mario a décidé de faire une pause sur une île déserte au fin fond de la mer. Mais il doit se défendre des assauts des goombas. Pour cela il dirige un navire de guerre qui n'a pas servi depuis longtemps. Vous devez armer votre canon puis détruire tous les navires ennemis.
Le but du jeu est de terminer tous les niveaux, dont la difficulté est progressive. Pour vous aider dans votre tâche, vous pouvez améliorer votre résistance, vos armes... Il suffit de récupérer un maximum de pièces et de champignons verts, qui sont ici une sorte de monnaie indispensable à la progression dans le jeu.